短いペプチド「FLAG」をPABPの端につないだ遺伝子を特異的プロモーター（例えば感覚神経だけで発現するプロモーター）の制御下につなぎ、トランスジェニック株を作って線虫にこの遺伝子を発現させます。この線虫においてRNAとタンパク質をクロスリンクした後、すりつぶしてFLAGペプチドに対する抗体で精製を行い、一緒に精製されたRNAを回収します。最後にクロスリンクを解除してRNAだけを回収します。これにより、FLAG-PABPを発現させた細胞でのｍRNAのみが単離されます。

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