それぞれの組織から単離したｍRNAをラベルして線虫の遺伝子（cdNA）が並べられたマイクロアレイにハイブリダイゼーションを行います。この図の例では運動神経と感覚神経とから単離したｍRNAをそれぞれ緑、赤でラベルして用いています。同じ程度の強度の場合は黄色のシグナルになりますが、赤いシグナルを与える遺伝子が感覚神経に特異的に発現するものだと期待されます。右のグラフは緑と赤の強度比を各スポットについて算出し、ヒストグラムにしたものです。左にあるほど赤／緑の比が高い遺伝子です。感覚神経に発現することが分かっている既知遺伝子について、大方予想通りの成績が得られました。

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